L’antibiorésistance à l’hôpital, des inquiétudes fondées

L’antibiorésistance est un phénomène préoccupant contre lequel l’OMS a décidé de se mobiliser. En effet, la mauvaise utilisation de ces médicaments, surconsommation et surtout le mauvais usage, cause la mort de 700 000 personnes dans le monde chaque année dont 33 000 en Europe. La bactérie Klebsiella pneumoniae est un exemple de cette antibiorésistance inquiétante. Cette bactérie est commensale, c’est-à-dire qu’elle ne présente aucun danger lorsqu’elle se trouve dans son milieu naturel : le tube digestif et les voies aériennes de l’homme. Cependant, lorsque K. pneumoniae change de milieu et si la personne est hospitalisée donc fragilisée ou immunodéprimée, cette bactérie devient dangereuse voire mortelle. En parlant d’hôpital, une étude récente publiée dans le British Medical Journal concernant ladite bactérie a souligné que les hôpitaux constitueraient l’endroit où la transmission est la plus conséquente. Fait inquiétant lorsque l’on sait que cette bactérie a été responsable de 2094 morts en Europe en 2015, contre 341 en 2007.

Quand les bactéries prennent le pouvoir

Jusqu’en 2014, les patients étaient traités avec un antibiotique de dernière génération, les céphalosporines. Puis les scientifiques ont remarqué que K. pneumoniae résistait aux céphalosporines et ont donc administré des carbapénèmes, antibiotiques de dernier recours. Mais cette étude, menée sur 1700 échantillons de bactéries prélevés sur des patients de 244 hôpitaux dans 32 pays européens, souligne qu’une fois encore, K. pneumoniae résiste. Elle produit en effet des carbapénémases, des enzymes capables de résister à ces antibiotiques de derniers recours, les carbapénèmes. L’antibiorésistance a de quoi inquiéter les organismes de santé, d’autant plus que plus de cette bactérie semble se propager entre les patients d’un même hôpital : plus de 50% des prélèvements contenant des carbapénémases étaient particulièrement proches d’autres échantillons prélevés au sein d’un même hôpital. Conclusion ? Les bactéries se propageraient au sein d’un même hôpital…

Une autre bactérie qui donne du fil à retordre aux hôpitaux :

Les infections à Clostridium difficile, bête noire des hôpitaux

Pendant ce temps là, fabrication d’un antibiotique contre… l’antibiorésistance !

Alors que l’antibiorésistance ne cesse de progresser, cet été, le Pr Brice Felden et son équipe du laboratoire Inserm-Université de Rennes 1 avec une équipe de l’Institut des sciences chimiques de Rennes (ISCR) déclarait avoir potentiellement trouvé un nouvel antibiotique capable de lutter contre les bactéries résistantes et surtout qui ne déclenche pas de résistance.

« Tout est parti d’une découverte fondamentale en 2011, explique Brice Felden, nous nous sommes rendu compte qu’une toxine fabriquée par les staphylocoques dorés dont le rôle était de faciliter l’infection était également capable de tuer d’autres bactéries présentes dans notre organisme. Nous avions ainsi identifié une molécule qui possédait une double activité toxique et antibiotique. Nous nous sommes dit que si nous arrivions à dissocier ces 2 activités, nous serions capables de créer un nouvel antibiotique dépourvu de toxicité sur notre organisme. Restait à relever ce challenge ».

Les peptidomométiques…

Les chercheurs ont ainsi créé une nouvelle famille de peptides bactériens synthétiques, appelés peptidomométiques. Parmi eux, deux peptides se sont révélés efficaces contre le staphylocoque doré et les pseudomonas aeruginosa résistants. Ces deux peptides montrent une très bonne tolérance mais aussi aucune toxicité sur les cellules humaines et animales testées. « Nous les avons testés à des doses 10 à 50 fois supérieures à la dose efficace sans observer de toxicité », précise Brice Felden. Et le professeur Felden de conclure : « Nous pensons que ces nouvelles molécules représentent des candidats prometteurs au développement de nouveaux antibiotiques, pouvant apporter des traitements alternatifs à la résistance aux antimicrobiens ». Une aventure à suivre car les essais cliniques de phase 1 chez l’homme n’ont pas encore commencé… Mais un antibiotique pour lutter contre l’antibiorésistance, n’est-ce pas un peu le serpent qui se mord la queue ?

La phagothérapie vous dit quelque chose ? Et l’utilisation de virus contre les bactéries résistantes ?

Les phages attaquent

Sources

– British Medical Journal,
– Inserm,
– Le Figaro Santé,
– La Nutrition.

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L’infection à Clostridium Difficile, multi-récidivante

L’infection à Clostridium difficile (CD) est favorisée par un déséquilibre du microbiote intestinal. Elle est la principale cause de diarrhée infectieuse chez les patients hospitalisés et peut provoquer une inflammation sévère du côlon, parfois fatale (selon les données du CépiDC (INSERM), en 2013, en France, environ 260 personnes décédaient d’une infection liée à C.

Malgré un traitement efficace, cette infection présente des risques de importants de rechute après traitement, entre 2003 et 2009, aux Etats-Unis sur 3958 patients, 421 (36%) présentaient une récidive, parmi eux 36 % décédaient dans les 180 jours. Actuellement, toujours aux Etats-Unis, on estime que 500 000 patients souffrent de CD, ce qui représente un coût de 1,1 milliards de dollars.

Un cercle vicieux

Actuellement le traitement le plus efficace pour une première prise en charge se fait par antibiothérapie. Les plus courants sont le métronidazole, la vancomycine, ou la fidaxomicine. Depuis environ 2 ans, des études ont montré que si on ajoutait à ce traitement du bezlotoxumab, le taux de rechute n’était que de 17 %. Malgré ces résultats significatifs, l’idée d’un traitement par transplantation de microbiote fécal (TMF) n’a pas cessé d’intéresser certains laboratoires. En effet, il est connu qu’un traitement par antibiotiques est dangereux pour le microbiote. Ce traitement expliquerait donc le nombre de récidives créant ainsi un cercle vicieux.

Restaurer le microbiote grâce à la transplantation de microbiote fécal

Pour le Dr Frédéric Barbut, responsable du laboratoire C. difficile associé au CNR Anaérobies à l’hôpital Saint-Antoine (Paris) explique la démarche. « L’idée de la transplantation de microbiote fécal (TMF) est d’interrompre le cycle vicieux en remplaçant la flore du patient par une flore de donneur sain, permettant ainsi de restaurer la diversité microbienne et d’éviter la multiplication de Clostridium difficile ». En 2013, le « New England Journal of Medicine » (« NEJM »), publie les résultats du premier essai clinique évaluant l’efficacité de la TMF. On observe un taux de guérison de 81,3 % après la première transplantation et de 93,8 % à la suite de plusieurs transplantations.

Il faut savoir qu’à ce jour en France, l’infection récidivante à Clostridium difficile est la seule indication validée de la TMF. Il ne reste plus qu’à espérer que les résultats de la TMF soient également convaincants pour d’autres infections ou d’autres pathologies.

Pour aller plus loin :

Les infections à Clostridium difficile, bête noire des hôpitaux

Sources

– FMC Gastro,
– L Kyne MB Hamel R Polavaram PC Kelly, « Health care costs and mortality associated diarrhea due to Clostridium Difficile », Clin Infect Dis, 2002 (34),
– Le Quotidien du Médecin.

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Une souche bactérienne pour limiter la progression de l’endométriose

Une étude expérimentale a montré que Lactobacillus gasseri pouvait intervenir dans la qualité de vie de la femme atteinte d’endométriose. Cette bactérie est présente dans le microbiote vaginal mais aussi dans le microbiote intestinal. L’administration de cette souche chez des femmes atteintes d’endométriose a permis :
– Une diminution des lésions de l’endomètre,
– Une diminution du volume de ces lésions,
– Elle apaise les douleurs lors des règles.

L’administration de cette souche, durant 21 jours chez les femmes, a permis d’améliorer la qualité de vie chez celles-ci. D’ailleurs, ces résultats sont corrélés avec une autre étude de 2011 qui abonde dans le même sens : des patientes traitées avec Lactobacillus gasseri connaissent un soulagement significatif comparativement à des femmes traitées avec un placebo.
Cette souche bactérienne stimulerait en effet l’activité de cellules, dites NK (cellules du système immunitaire). Or ces cellules permettent d’éliminer naturellement les cellules anormales dans le corps. Les cellules NK permettent ainsi de diminuer le temps de survie des cellules de l’endomètre qui prolifèrent dans d’autres lieux que l’endomètre.

L’endométriose : une pathologie difficile à soigner

Si les chercheurs s’intéressent autant à l’effet de souches sur la prise en charge de l’endométriose, c’est que les traitements de l’endométriose sont parfois limités. Et que de nouvelles alternatives pourraient donner espoir à la population féminine touchée par cette pathologie, souvent mal diagnostiquée. À ce jour, les traitements qui existent sont :
– Les traitements hormonaux ou hormonothérapie pour empêcher la survenue des règles,
– De façon plus ponctuelle, et si l’hormonothérapie n’est pas efficace, on propose une cure de ménopause artificielle. Sur une durée plus ou moins long terme, cette cure nécessite des actions limitant également les effets secondaires liées à cette ménopause précocement avancée (bouffées de chaleur, déminéralisation osseuse, sécheresse de la peau, etc.),
– Un traitement chirurgical en dernier recours.

« Les médecins ne m’ont pas pris au sérieux ! » : Témoignages sur l’errance diagnostique

Comment bien vivre malgré son endométriose

Comme dit précédemment, l’endométriose est une pathologie particulièrement douloureuse, qui altère la qualité de la vie de la femme. Sachez qu’il vous faut en parler à votre médecin ou tout autre professionnel de santé, qui déjà pourra vous orienter au mieux pour soulager vos douleurs. Adaptez également votre mode de vie face à la fatigue liée à cette pathologie. Reposez-vous dès que vous en avez l’occasion. Et au travail, prenez rendez-vous avec le médecin du travail pour voir quelles sont les possibilités pour aménager votre poste.

Au-delà de la douleur ressentie, l’endométriose a un impact lourd sur la relation de couple : perte de libido et sautes d’humeurs sont souvent les conséquences des traitements hormonaux. Le risque d’infertilité lié également à l’endométriose cause aussi une lourde charge mentale qui joue également un rôle sur la libido. N’hésitez pas à en discuter avec un psychologue ou sexologue qui saura également vous orienter au mieux.

Mangez mieux : la nutrition aide face à cette pathologie ! Bonnes graisses (notamment les omégas 3), légumes verts, agrumes, céréales sans gluten, peu de viande et des aliments sans pesticides/polluants ou perturbateurs endocriniens sont des aliments à privilégier.

les 5 aliments à éviter pour lutter contre l’endométriose

Sources

– Haute Autorité de Santé,
– Association française de lutte contre l’endométriose,
– Laschke MW, Menger MD, « The gut microbiota: a puppet master in the pathogenesis of endometriosis? », Am J Obstet Gynecol., 2016 Jul; 215(1):68,
– – Itoh H, Uchida M et al., Song L, « Lactobacillus gasseri OLL2809 is effective especially on the menstrual pain and dysmenorrhea in endometriosis patients : randomized, double-blind, placebo-controlled study », Cytotechnology, 2011 Mar; 63(2):153-61
– Itoh H, Sashihara T, Hosono A, Kaminogawa S, Uchida M., « Lactobacellus gasseri OLL2809 inhibits development of ectopic endometrial cell in peritoneal cavity via activation of NK cells in a murineendometriosis model. », Cytotechnology, 2011 Mar; 63(2):205-10,
– La Nutrition,
– Nutrinfo,
– Nutrilife.

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Entre les deux, l’intestin grêle représente une zone tampon avec une population bactérienne qui reste limitée. Un phénomène particulier y est pourtant parfois observé : la pullulation bactérienne. En quoi consiste-t-elle ? quelles sont ses causes ? ses conséquences ?

La pullulation bactérienne de l’intestin grêle : l’invasion des micro-organismes

La pullulation bactérienne dans l’intestin grêle (alias SIBO pour nos amis anglophones pour Small Intestinal Bacterial Overgrowth) correspond à la présence excessive de bactéries dans cette partie du tube digestif.
En temps normal, la présence de bactéries dans l’intestin grêle est limitée, et ce pour deux raisons principales :
– le bol alimentaire a traversé l’estomac où il a été acidifié par les sucs gastriques, ce qui a tué la quasi-totalité des bactéries présentes,
– les muscles qui entourent les intestins se contractent pour faire avancer le chyme (le nom du bol alimentaire après son passage dans l’estomac) dans l’intestin grêle puis jusqu’au côlon. Cette progression du chyme gêne l’activité des bactéries du microbiote intestinal qui n’ont pas le temps de dégrader les aliments. Les enzymes digestives et nos cellules intestinales se chargent donc de digérer puis absorber les nutriments.
Si l’une de ces deux actions fait défaut, les bactéries vont s’installer et se développer.

Tout savoir sur le microbiote intestinal

Mais pourquoi tant de bactéries ?

Le développement d’une pullulation bactérienne est la synthèse de deux effets cumulés :
1. une présence bactérienne anormalement élevée, favorisée par une faible acidité au niveau de l’estomac. Une diminution de l’acidité gastrique est observée lors d’un traitement anti-acide (traitement par inhibiteurs de la pompe à proton par exemple) ou en lien avec l’âge.
2. une stase des aliments dans l’intestin grêle. Cette stase favorise le contact entre les aliments et les bactéries qui en profitent pour se développer. Plusieurs éléments peuvent expliquer l’apparition d’une stase : un trouble de la motilité intestinale associée à une pathologie du tube digestif (maladie cœliaque par exemple) ou à des traitements médicamenteux, la présence d’un obstacle dans l’intestin, certaines opérations chirurgicales qui concernent l’estomac et/ou la partie proximale de l’intestin grêle.

Docteur, j’ai mal au ventre…

Les symptômes de la pullulation bactérienne ne sont pas spécifiques à ce trouble. Il s’agit généralement de ballonnements, d’une distension abdominale, de douleurs, de diarrhée… Ceci explique que le diagnostic soit long et que les patients soient parfois orientés vers un Syndrome de l’Intestin Irritable, une intolérance au lactose ou une malabsorption du fructose.
Progressivement, de nouveaux symptômes sont observés : fatigue, faiblesse générale, selles grasses dues à une malabsorption lipidique, carences vitaminiques, malabsorption des nutriments, perte de poids… Ces symptômes découlent directement de l’action bactérienne : production de gaz, diminution des nutriments disponibles pour notre organisme, altération de la muqueuse digestive, etc.

Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est une maladie chronique qui empoisonne la vie des malades. Parlons-en !

Diagnostic et prise en charge de la pullulation bactérienne de l’intestin grêle

Le diagnostic est généralement compliqué par l’absence de symptômes spécifiques et la présence de pathologies ou troubles auxquels les symptômes sont parfois associés à tort (SII, Maladie Inflammatoire de l’Intestin, maladie coeliaque, …).

La méthode de référence pour diagnostique la pullulation bactérienne reste l’analyse de la flore microbienne de l’intestin grêle. Cette méthode n’est cependant pas évidente à mettre en place en pratique (méthode de prélèvement invasive, coût, risque de contamination des échantillons, méthode d’analyse incomplète).

Une alternative réside dans les tests respiratoires dont l’application est beaucoup plus facile mais les résultats moins spécifiques. Ce type de test consiste à faire consommer un sucre particulier (lactulose ou glucose) par le patient puis de mesurer à l’aide d’un appareil la présence d’hydrogène dans l’air expiré. Il est admis que seule la fermentation opérée par les bactéries est à l’origine de la synthèse d’hydrogène. En cas de pullulation bactérienne dans l’intestin grêle, la formation d’hydrogène est rapide et un pic de concentration de ce gaz est détecté dans l’air expiré. En l’absence de pullulation bactérienne, le pic est plus tardif et correspond à la fermentation ayant lieu au niveau du côlon.

Face à un cas de pullulation bactérienne dans l’intestin grêle, la prise en charge se résume en trois points :
1. un traitement antibiotique pour éradiquer la pullulation bactérienne
2. une correction de la (des) cause(s) de cette pullulation
3. une prise en charge nutritionnelle pour corriger les carences et soulager les symptômes

Sources

– Dukowicz AC, Lacy BE, Levine GM., « Small intestinal bacterial overgrowth: a comprehensive review. », Gastroenterol Hepatol (N Y)., 2007 Feb ; 3 (2) : 112-22,
– Revue Médicale Suisse,
– Chen B, Kim JJ, Zhang Y, Du L, Dai N., « Prevalence and predictors of small intestinal bacterial overgrowth in irritable bowel syndrome: a systematic review and meta-analysis. », J Gastroenterol., 2018 Jul ; 53 (7) : 807-818,
– Gewecke K, Nannen-Ottens S., « Bacterial overgrowth: nutrition as part of the therapeutic concept. Small Intestinal Bacterial Overgrowth (SIBO). », Ernahrungs Umschau, 2017 ; 64 (4) : 67–73 ; 64(5) : 74–78,
– Ghoshal UC, Shukla R, Ghoshal U., « Small Intestinal Bacterial Overgrowth and Irritable Bowel Syndrome: A Bridge between Functional Organic Dichotomy. », Gut Liver., 2017 Mar 15 ; 11 (2) : 196-208.

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Helicobacter pylori, bactérie inflammatoire

Helicobacter pylori est une bactérie relativement commune dans nos estomacs, puisque 15 à 30% des adultes en seraient porteurs. Dans les faits, cette colonisation peut passer relativement inaperçue. Pourtant au contact de la paroi de l’estomac, H. pylori entraîne une inflammation chronique : la gastrite. Celle-ci peut provoquer quelques troubles digestifs tels que gêne et douleurs, sans plus. Mais selon le terrain de la personne, cette inflammation peut évoluer vers un ulcère gastro-duodénal voire un cancer gastrique, respectivement 10% et 1% des personnes infectées par H. pylori seraient touchées.

La chasse à Helicobacter pylori est lancée

En présence de symptômes ou d’antécédents personnels ou familiaux, le médecin généraliste ou le gastro-entérologue peut prescrire des examens pour rechercher une infection à H. pylori. Deux approches sont possibles :
– La fibroscopie digestive, ou endoscopie digestive, qui permet notamment de prélever un échantillon de la paroi gastrique pour y rechercher la présence d’H. pylori

Tout savoir sur l’endoscopie digestive haute

– La prise de sang, qui vise à rechercher des anticorps (des composants du système immunitaire) dirigés contre la bactérie. En cas de résultat positif, une fibroscopie est réalisée pour confirmer le diagnostic.

Le traitement est ensuite relativement simple : face à une infection bactérienne, seuls les antibiotiques peuvent apporter la solution. En complément, un médicament anti-acide est prescrit pour réduire l’acidité de l’estomac pendant la durée du traitement.

Le patient, acteur clé du traitement contre Helicobacter pylori

Actuellement, le traitement permet d’éliminer H. pylori, et donc l’infection associée, dans 80 à 90% des cas. Un examen de contrôle (généralement un test respiratoire à l’urée) permet de confirmer l’éradication de la bactérie. Aucun suivi particulier n’est ensuite nécessaire en raison du très faible risque de ré-infection.
A contrario, le traitement s’avère inefficace dans 10 à 20% des cas. Les échecs de traitement s’expliquent par deux causes principales : soit la bactérie est résistante à l’antibiotique prescrit et alors celui-ci n’a aucun effet sur H. pylori, soit le patient n’a pas correctement respecté le traitement prescrit et il existe un risque que la bactérie développe une résistance à l’antibiotique prescrit. Dans les 2 cas, le traitement est renouvelé mais avec un nouvel antibiotique.

Antibiorésistance : quand les bactéries font de la résistance

Même sans signes d’ulcère ou de cancer, une infection à H. pylori doit être traitée afin de réduire les risques de complications et améliorer les troubles digestifs liés à l’inflammation.

Sources

– Haute Autorité de Santé, « La recherche et le traitement de Helicobacter pylori »,
– Le Webzine de la Haute Autorité de Santé, 20 mars 2019,
– Haute Autorité de Santé, fiche patient, « La recherche de Helicobacter pylori »,
– Haute Autorité de Santé, fiche patient « Le traitement de Helicobacter pylori ».

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Un projet flamand d’étude du microbiote intestinal

En se basant sur les données collectées auprès d’un millier de Belges, les chercheurs de cette équipe se sont intéressés aux personnes avec un diagnostic de dépression. Ils ont ainsi collecté des données sur leur traitement antidépressif, leur qualité de vie, et bien sûr leur microbiote intestinal.
L’originalité de leur analyse réside dans le fait qu’ils ont cherché à relier ces différents composants (qualité de vie, dépression, microbiote intestinal) mais également à intégrer la prise ou non d’un traitement antidépressif pour établir une vue complète plus complète du sujet.

Microbiote intestinal, cerveau et dépression : et si tout était lié ?

Le microbiote, élément central dans la dépression

À l’issue de cette analyse, on relève plusieurs observations intéressantes :

1- Les personnes dépressives ont une moins bonne qualité de vie (on s’en serait douté mais c’est bien de le prouver scientifiquement !)

2- Certaines familles de bactéries sont associées positivement ou négativement à la qualité de vie :
• Les bactéries des genres Faecalibacterium, Coprococcus, et dans une moindre mesure Dialister, sont plus représentées quand la qualité de vie est bonne. Ceci est cohérent avec des observations précédentes qui liaient Faecalibacterium et Coprococcus à l’inflammation intestinale et à la dépression dans les cas de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.

Microbiote intestinal et MICI : et si tout était lié ?

• Les bactéries du genre Flavonifractor sont à l’inverse le reflet d’une qualité de vie dégradée. Ce genre bactérien est par ailleurs prédominant chez les patients dépressifs.

3- Le traitement antidépressif est un facteur de confusion important dans les analyses portant sur la dépression et le statut de ces patients. Ainsi, en intégrant ce paramètre dans l’analyse, seuls les genres Coprococcus et Dialister seraient associés au statut dépressif d’une personne, qu’elle soit ou non sous traitement.

Le microbiote intestinal, un axe de travail pour lutter contre la dépression ?

Face à ce constat, les auteurs envisagent la piste du traitement par probiotiques : les genres Coprococcus et Dialister étant associés à la fois à la qualité de vie et à la dépression, ils pourraient constituer d’intéressants psychobiotiques, à savoir des probiotiques ayant un effet bénéfique sur la santé des personnes souffrant de maladies psychiatriques.

Source

Valles-Colomer M, Falony G, Darzi Y, Tigchelaar EF, Wang J, Tito RY, Schiweck C, Kurilshikov A, Joossens M, Wijmenga C, Claes S, Van Oudenhove L, Zhernakova A, Vieira-Silva S, Raes J., The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression., Nat Microbiol., Février 2019.

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La lutte contre l’antibiorésistance s’organise !

Face à cette émergence de l’antibiorésistance, plusieurs approches sont possibles :
– Raisonner l’usage des antibiotiques ;
– Trouver des solutions de substitutions : nouveaux antibiotiques, phages… ;
– Comprendre les mécanismes de résistance des bactéries pour les contourner.

Les phages attaquent

C’est sur ce dernier point que des chercheurs de l’Université d’Hamilton au Canada ont orienté leurs investigations.

Quand les antibiotiques attaquent, les bactéries contre-attaquent

Ils se sont intéressés à une classe d’antibiotiques en particulier, les polymyxines, qui sont des molécules efficaces même dans certaines situations d’infections causées par des bactéries multi-résistantes. Il s’agit donc d’antibiotiques utilisés en dernier recours de traitement.

Or, des cas de résistance aux polymyxines commencent à émerger, remettant en cause notre capacité à traiter ces mêmes infections.

Antibiorésistance : quand les bactéries font de la résistance

Les scientifiques ont donc cherché à comprendre quels changements ayant lieu dans les bactéries entraînaient l’apparition de cette antibiorésistance.

La résistance des bactéries face aux antibiotiques élucidée

En travaillant dans des conditions in vitro, les chercheurs ont réussi à identifier les facteurs responsables de l’antibiorésistance.

Il était connu que cette molécule exerce son activité antibiotique en se fixant sur la paroi des bactéries et en y créant des pores. Ces micro-trous déstabilisent l’intégrité de la bactérie ce qui entraîne sa destruction.

Deux mécanismes différents pourraient alors expliquer la résistance à l’antibiotique :
– Une diminution de la charge électrique présente naturellement à la surface de la bactérie. L’attraction de la molécule antibiotique est alors réduite.
– Un épaississement de la membrane bactérienne, qui rend sa perforation plus difficile.

Ainsi, en étudiant la capacité des bactéries à faire évoluer leur charge électrique et l’épaisseur de leur membrane, il serait possible de prédire les capacités de résistance des bactéries ciblées par les polymyxines.

Sources

– Khondker A, Dhaliwal AK, SaemS, Mahmood A, Fradin C, Moran-Mirabal J, Rheinstädter MC.  « Membrane charge and lipid packing determine polymyxin-induced membrane damage. », Communications Biology,  2019, 2(67),
– The Lancet,
– Ministère des Solidarités et de la Santé,
– Pourquoi Docteur.

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Les bactéries produisent des métabolites d’une grande utilité

Des souris dépourvues de germes bactériens (= axéniques) présentent des troubles du développement neural. Pourquoi ? Car certaines cellules du tube neural utilisent les acides gras à chaînes courtes issus de la fermentation des bactéries pour leur maturation. Si pas d’acides gras à chaînes courtes, pas de maturation.
Il semblerait ainsi que les métabolites produits agissent localement au niveau de cellules du système endocrinien ou du système immunitaire.

Des bactéries dans le cerveau : une découverte inattendue

Les premières années de vie déterminantes

Jusqu’aux trois ans de l’enfant, le développement cérébral ainsi que le développement de son microbiote intestinal sont importants. Tout d’abord, on sait que le type d’accouchement a une influence sur le développement du microbiote de l’enfant. Les enfants nés par voie basse entrent directement en contact avec le microbiote vaginal, ainsi qu’avec des germes fécaux. Ces derniers viendraient renforcer l’immunité chez le nouveau-né.

En revanche, les enfants nés par césarienne présentent un risque plus élevé d’être sujets à l’asthme, à des maladies inflammatoires chroniques intestinales, ou à des maladies liées à l’immunité.

L’allaitement joue un rôle dans le développement du microbiote intestinal : les enfants allaités ont un microbiote plus dense en Bifidobactérium. Les oligosaccharides présents dans le lait maternel favoriseraient en effet le développement du microbiote intestinal chez l’enfant. Et toujours chez l’enfant, il a été montré que le microbiote intestinal a son rôle à jouer dans les performances cognitives.

Pour en savoir plus sur le microbiote du nouveau-né

Malheureusement tout n’est pas encore bien compris dans cette relation microbiote intestinal et cerveau. Mais il faut savoir quela communication entre les intestins et le cerveau est bi-directionnelle : des signaux vont du sens intestin vers le cerveau et inversement. Et le microbiote agirait sur le cerveau avec au moins deux façons identifiées :
– Via les neurones du système nerveux entérique (système nerveux propre à l’intestin)
– Via le nerf crânien X

Des facteurs perturbant le microbiote auraient un impact sur le fonctionnement cérébral

On sait que certains facteurs extérieurs viennent perturber l’équilibre du microbiote intestinal. C’est le cas par exemple des antibiotiques. Alors, c’est quoi le rapport avec le cerveau ? Eh bien des études ont montré que la prise d’antibiotiques diminue la quantité de certains métabolites cérébraux (comme la sérotonine). Et l’antibiothérapie augmenterait également l’anxiété et la dépression. Inversement, des patients atteints de pathologies cérébrales ont un microbiote intestinal altéré et souffrent généralement de troubles du transit intestinal.
Enfin des études cliniques suggèrent que des perturbations de l’axe microbiote-intestin-cerveau seraient associées à des pathologies comme l’autisme, le déficit de l’attention, la maladie de Parkinson ou bien même l’Alzheimer. Si on transfère du microbiote intestinal de souris dépressives à des souris axéniques, ces dernières vont voir leur humeur et leur comportement modifiés.
A l’inverse, des probiotiques administrés à des sujets sains ont la capacité à influencer l’activité du cerveau.

Les antibiotiques c’est la panique !

Pour chouchouter une bonne relation intestin-microbiote-cerveau, quel réflexes avoir ?

Le Dr Mayer, gastro-entérologue spécialisé dans la relation intestin-cerveau-microbiote, propose quelques pistes pour un microbiote en pleine forme, et ce, en vue d’un fonctionnement cérébral optimal :
1- Mangez des fibres, bien entendu !
2- Limitez les graisses animales : celles-ci favorisent l’inflammation, et diminuent la sensibilité du nerf vague au niveau intestinal. Du coup, il y a une perte de la sensibilité aux signaux de la satiété

3- Évitez les additifs alimentaires : ceux-ci sont associés à une augmentation du taux de Bacteroides et Clostridiales. Ces bactéries produisent à leur tour des métabolites qui augmentent la résistance à l’insuline. Les émulsifiants provoquent une inflammation intestinale, altérant comme les graisses animales les signaux de satiété.
4- En cas de stress ou d’anxiété, privilégiez les aliments fermentés pour enrichir le microbiote.
5- Mangez à l’abri du stress ! Un état émotionnel négatif (stress, colère, tristesse) réduit la diversité des bactéries du microbiote. Celles-ci sont agressées par des acides de l’estomac, ce qui rend la paroi intestinale poreuse. Donc le sujet sera inévitablement exposé à une inflammation intestinale
6- Évitez le grignotage : jeûner permet de « nettoyer » l’intestin de métabolites indésirables. Et de fait, le nerf vague sera plus à même de ressentir les signaux de satiété.
7- Effectuez une activité physique : en bougeant, on limite le stress et donc on favorise une meilleure diversité du microbiote intestinal.

Une activité physique régulière pour prendre soin de son microbiote intestinal

Sources

– NCBI,
– Univadis,
– Gut Microbiota For Health,
– Sciences et avenir,
– Sciences et avenir.

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2 000 nouvelles espèces bactériennes pas encore étudiées en laboratoire

Des chercheurs de l’Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI) et du Wellcome Sanger Institute ont analysé le microbiome (l’environnement ou l’aire biotique du microbiote) de 11 850 personnes issues de divers continents. Mais, contrairement aux analyses usuelles comme celle du microbiote fécal, les chercheurs ont utilisé une méthode de calculs d’après les données connues des bactéries intestinales, méthode pluridisciplinaire nommée bio-informatique. Ils ont découvert près de 2 000 nouvelles espèces grâce à cette approche, les espèces en question n’étant à ce jour pas cultivables en laboratoire.
Un grand pas en avant car un grand nombre d’espèces bactériennes étaient encore inconnues des chercheurs, à cause d’une trop faible présence dans le microbiome ou d’une impossible culture en laboratoire. Ces méthodes de calcul ont en outre permis de reconstruire plus de 92 000 génomes bactériens (ensemble des chromosomes et des gènes d’une espèce). Trevor Lawley, du Wellcome Sanger Institute, espère que cette découverte et leur cartographie des bactéries intestinales leur permettra de mieux comprendre les interactions entre microbiote intestinal et maladies gastro-intestinales dont les MICI.

Un inventaire incomplet dans certaines régions du monde

Alexandre Almeida, co-dirigeants de cette étude, souligne que leurs méthodes de calculs sont hautement reproductibles et applicables à de plus grands ensembles de données, pour peut-être parvenir à dresser sous peu une cartographie complète des espèces bactériennes rencontrées en Amérique du Nord et en Europe. Mais si les chercheurs ont pu confirmer un nombre conséquent d’espèces bactériennes communes aux populations européenne et nord-américaine, la cartographie des bactéries du microbiote intestinal des populations africaine ou sud-américaine fait encore défaut. En effet, les quelques bases de données auxquelles les chercheurs ont eu accès ne permettent pas de refléter la diversité bactérienne de populations encore trop peu étudiées. Mais, grâce à la bio-informatique, ils ont déjà pu améliorer la classification des échantillons d’Afrique et d’Amérique du sud de plus de 200 %. Un travail de collecte supplémentaire est donc encore nécessaire à la connaissance et la composition du microbiote intestinal.

Des bactéries dans le cerveau : une découverte inattendue

Sources

– Alexandre Almeida et al., « A new genomic blueprint of the human gut microbiota », Nature, février 2019,
– Institut européen de bio-informatique.

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1- L’éponge

Une équipe de microbiologistes allemands a étudié la diversité bactérienne des éponges utilisées en cuisine. Surprise : elles concentrent 50 milliards de bactéries de 118 espèces distinctes pour chaque centimètre cube. Oui, autant de bactéries sur une surface aussi petite. Mais cette éponge est en contact avec tous vos contenants, donc tous vos aliments, on l’utilise à plusieurs reprises chaque jour et surtout, on la pose sur le bord de l’évier sans même l’essorer. Or, l’humidité est le terrain idéal pour une invasion bactérienne. On peut parfois lire qu’un passage à la machine à laver permet d’anéantir les bactéries d’une éponge. Or, les bactéries les plus résistantes au lavage sont aussi celles qui recolonisent cette surface le plus rapidement.

2- Le Frigo

Une étude commandée par Microbian Europe révèle qu’un frigo contient en moyenne plus de 750 fois la concentration de bactéries identifiée comme sûre. Les bactéries sont inhérentes à l’Homme, nos mains en sont recouvertes. Aussi n’est-il guère étonnant que ces bactéries se retrouvent dans le frigo. Les différences de température facilitent notamment la prolifération de bactéries, d’où la sempiternelle consigne de votre mère : « ne laisse pas le frigo ouvert trop longtemps. » La zone la plus concentrée en bactéries est… le bac à légumes, ces derniers étant les plus à risques. Dans votre bac à légumes – dont on ne soupçonnait guère la pathogénicité –, on dénombre près de 129 000 bactéries au centimètre carré. On retrouve parfois des bactéries comme les salmonelles ou la fameuse Escherichia coli.

3- Le téléphone

En moyenne, 1 479 familles de bactéries sont présentes sur l’écran de notre smartphone. Et là, vous êtes en train de nous lire, les doigts sur l’écran.

7 fois plus de bactéries sur le téléphone que sur la cuvette des toilettes

4- Le canard du bain

L’institut de recherche sur l’eau de Suisse a étudié la diversité bactérienne de ces canards en plastique dont vos enfants raffolent. L’institut a comparé des canards déjà utilisés, plongés dans une eau propre ou salie, et des canard neufs, plongés dans une eau propre, et d’autres dans une eau usagée (savon, sueur…). Les résultats font froid dans le dos : entre 5 et 75 millions de cellules ont été retrouvées sur chaque centimètre carré. La totalité des canards exposés à une eau salie contenait des germes, potentiellement pathogènes dans 80 % des canards étudiés. Des bactéries pathogènes ont été détectées (les légionelles par exemple) mais aussi d’autres connues pour leur résistance (l’espèce Pseudomonas aeruginosa).

5- Les rondelles de citron

Là, on reconnaît ne pas y avoir songé en amont. Mais les Américains l’ont fait ! Une équipe de chercheurs a analysé la peau et la pulpe de 76 citrons en provenance d’une vingtaine d’établissements. Mauvaise surprise (encore) : 70 % des échantillons favorisaient la prolifération des bactéries. Pire : ces échantillons ont été collectés avant qu’un client ne touche sa boisson. Lesdites bactéries proviendraient donc du personnel et du lieu… Pensez-y la prochaine fois que vous trouverez des cacahuètes sur votre table.

Des bactéries partout mais pas nécessairement pathogènes

Rien ne sert de paniquer et de tenter – en vain – de désinfecter votre intérieur. Sur plus de 13 000 espèces bactériennes scientifiquement reconnues, seulement 150 sont considérées comme pathogènes pour l’Homme. Leur pathogénicité dépend en outre de leur concentration, ou de l’état de santé de la personne qui y est confrontée.

Puis, les bactéries sont essentielles au bon équilibre de tout organisme vivant. On commence à le savoir, notre corps abriterait 100 000 milliards de bactéries. Et ces bactéries sont certes partout mais agissent comme des barrières, empêchant les germes pathogènes de s’en installer. Elles activent aussi certains récepteurs de l’immunité, donc inutile de commencer la chasse aux bactéries.

Pour tout savoir sur les bactéries dans votre intestin :

Tout savoir sur le microbiote intestinal

Sources

– Institut de recherche sur l’eau,
– FranceInter,
– Daily Mail.

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