Le microbiote fécal, parent pauvre du microbiote intestinal • Le Quotidien du Patient

Tout le monde nous en parle : microbiote intestinal, flore intestinale, bactéries intestinales … Et pourtant, savez-vous que la base de toutes ces découvertes est due à nos selles ? Que leur composition bactérienne est mieux connue que celle de notre flore intestinale ? et que les bactéries fécales peuvent soigner ? Partons à la découverte de nos selles et de leurs pouvoirs…

Le microbiote fécal, ou la vedette laissée dans l’ombre

Nous nous devons de rétablir ici une vérité : les découvertes faites sur le microbiote intestinal ont été rendue possibles grâce à nos selles. Eh oui : pour pouvoir faire la connaissance des micro-organismes qui peuplent nos intestins, les chercheurs sont allés les chercher là où il était le plus simple de les observer, c’est-à-dire dans les selles ! En moyenne, l’être humain défèque au moins 3 fois par semaine et jusqu’à 2 à 3 fois par jour. Quoi de plus simple alors, pour explorer le contenu de nos intestins, que d’analyser ce qui en sort ?

Les selles sont en effet un reflet intéressant de ce qui se passe dans nos intestins. Composées à 75% d’eau, les selles renferment également des résidus alimentaires qui n’ont été digérés ni par nos enzymes digestives ni par les bactéries intestinales, des cellules mortes, des bactéries et autres micro-organismes. Leur analyse globale permet par exemple de caractériser le mode alimentaire des personnes, ou de détecter des signes de maladies et de malabsorption alimentaire.

Mais surtout, les selles fournissent une base intéressante pour l’analyse de la flore intestinale. Car les bactéries présentes dans nos selles sont un bon miroir des bactéries présentes dans nos intestins et en particulier dans notre côlon. En étudiant la flore fécale, les chercheurs peuvent avoir une image assez représentative des familles de bactéries présentes dans les intestins, leurs quantités absolue (le nombre de bactéries présentes) et relative (la proportion de chaque famille), la présence de pathogènes, de virus…

Mais comme en soi, le microbiote fécal n’est pas particulièrement intéressant, le microbiote intestinal lui a volé la vedette.

Et pourtant…

Le microbiote fécal retrouve aujourd’hui un peu la lumière notamment avec le développement de la technique de transplantation de microbiote fécal (TMF).

Transplantation de microbiote fécal : des espoirs permis pour la maladie de Crohn ?

En temps normal, le microbiote intestinal d’une personne évolue autour d’un état d’équilibre. Lorsque ce dernier est rompu, une dysbiose s’installe : certaines populations de bactéries prolifèrent, d’autres diminuent, des pathogènes peuvent s’implanter…

La nature étant bien faite (et la médecine l’aidant parfois), notre microbiote a la capacité de retrouver son équilibre d’origine. Mais parfois la dysbiose est trop forte et le déséquilibre s’installe dans le temps, pouvant conduire au développement de différents troubles ou pathologies, comme le diabète.

Une des techniques mise au point pour parer cet état consiste à remplacer le microbiote « pathologique » en implantant à la place le microbiote d’une personne considérée comme « saine » du point de vue de son microbiote intestinal. On parle alors de greffe fécale ou de transplantation du microbiote fécal.

Cette technique est actuellement pratiquée dans un cas bien précis : les infections à Clostridium difficile récidivantes, pour lesquelles les traitements antibiotiques sont inefficaces.

Et les résultats sont intéressants : le taux de guérison atteint 85 à 90% après un transfert unique et 100% après deux TMF !

Malgré cela, les infections à Clostridium difficile récidivantes restent la seule indication pour l’utilisation du TMF. Son utilisation dans d’autres pathologies reste limitée au cadre des expérimentations médicales, dans des cas de Syndrome de l’Intestin Irritable, maladie de Crohn, désordres métaboliques par exemple. Ceci s’explique par manque de connaissances sur les bénéfices et risques, notamment à long terme, mais également par la difficulté à définir le cadre juridique applicable à cette pratique.

Désormais, quand on vous parlera de microbiote intestinal, ayez une pensée de reconnaissance pour votre microbiote fécal !

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