Bientôt une cartographie complète de nos bactéries intestinales ?

Un travail de co-recherche a permis de découvrir près de 2 000 nouvelles espèces bactériennes peuplant notre intestin. Une liste qui vient compléter l’inventaire de nos bactéries intestinales, pour peut-être parvenir à fournir à terme une liste complète de notre diversité bactérienne.

2 000 nouvelles espèces bactériennes pas encore étudiées en laboratoire

Des chercheurs de l’Institut européen de bio-informatique (EMBL-EBI) et du Wellcome Sanger Institute ont analysé le microbiome (l’environnement ou l’aire biotique du microbiote) de 11 850 personnes issues de divers continents. Mais, contrairement aux analyses usuelles comme celle du microbiote fécal, les chercheurs ont utilisé une méthode de calculs d’après les données connues des bactéries intestinales, méthode pluridisciplinaire nommée bio-informatique. Ils ont découvert près de 2 000 nouvelles espèces grâce à cette approche, les espèces en question n’étant à ce jour pas cultivables en laboratoire.
Un grand pas en avant car un grand nombre d’espèces bactériennes étaient encore inconnues des chercheurs, à cause d’une trop faible présence dans le microbiome ou d’une impossible culture en laboratoire. Ces méthodes de calcul ont en outre permis de reconstruire plus de 92 000 génomes bactériens (ensemble des chromosomes et des gènes d’une espèce). Trevor Lawley, du Wellcome Sanger Institute, espère que cette découverte et leur cartographie des bactéries intestinales leur permettra de mieux comprendre les interactions entre microbiote intestinal et maladies gastro-intestinales dont les MICI.

Un inventaire incomplet dans certaines régions du monde

Alexandre Almeida, co-dirigeants de cette étude, souligne que leurs méthodes de calculs sont hautement reproductibles et applicables à de plus grands ensembles de données, pour peut-être parvenir à dresser sous peu une cartographie complète des espèces bactériennes rencontrées en Amérique du Nord et en Europe. Mais si les chercheurs ont pu confirmer un nombre conséquent d’espèces bactériennes communes aux populations européenne et nord-américaine, la cartographie des bactéries du microbiote intestinal des populations africaine ou sud-américaine fait encore défaut. En effet, les quelques bases de données auxquelles les chercheurs ont eu accès ne permettent pas de refléter la diversité bactérienne de populations encore trop peu étudiées. Mais, grâce à la bio-informatique, ils ont déjà pu améliorer la classification des échantillons d’Afrique et d’Amérique du sud de plus de 200 %. Un travail de collecte supplémentaire est donc encore nécessaire à la connaissance et la composition du microbiote intestinal.

Des bactéries dans le cerveau : une découverte inattendue

Sources

– Alexandre Almeida et al., « A new genomic blueprint of the human gut microbiota », Nature, février 2019,
– Institut européen de bio-informatique.

LQDP