Le microbiote est composé de cent mille milliards de bactéries, pèse entre un et cinq kilos et colonise les quelques 400 m² de notre surface intestinale. Nous vivons en symbiotisme avec notre microbiote, c’est-à-dire qu’il ne peut pas vivre sans nous et nous sans lui.

85 % de bactéries inconnues

Le séquençage de l’ADN a permis aux scientifiques de découvrir la diversité des groupes bactériens intestinaux. C’est ainsi que l’analyse de 396 échantillons de selles a permis d’identifier 741 espèces de bactéries dont 85% étaient inconnues mais aussi les centaines de relations de dépendance entre les différents groupes bactériens du microbiote. On en sait désormais un peu plus sur le fonctionnement global de la flore intestinale et ses interactions avec l’hôte.

Une efficacité contre…

Les professionnels de santé restent encore prudents face à cette pratique thérapeutique. En l’absence d’un rapport bénéfice/risque clairement établi, la transplantation du microbiote fécale (TMF) doit être réservée à des cas très précis : situations graves, échec des traitements conventionnels, aucune alternative thérapeutique.

…Clostridium difficile…

Ce bacile est responsable de 10 à 25 % des cas de diarrhée post-antibiotique chez l’adulte et de plus de 95 % des colites pseudo-membraneuses (CPM). Il est la principale cause de diarrhées infectieuses nosocomiales chez l’adulte. Les antibiotiques sont efficaces dans 80% des cas. Mais depuis quelques années, on observe une augmentation de leur incidence à travers le monde, l’émergence d’épidémies de formes sévères et une moins bonne réponse aux antibiotiques. On parle, dans ce cas, d’une infection à Clostridium difficile récidivante. En 2013, une thérapeutique est enfin trouvée grâce à une équipe néerlandaise. Elle montre que le transfert de flore est bien plus efficace qu’une antibiothérapie dans le cas d’infection par Clostridium difficile.

…les MICI

Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), maladie de Crohn et rectocolite hémorragique, se caractérisent par l’inflammation de la paroi d’une partie du tube digestif, liée à une hyperactivité du système immunitaire digestif. Selon le Pr Marteau, dans le Quotidien du médecin, « Des essais ouverts chez des sujets souffrant de MICI ou de l’association de MICI et d’infection à Clostridium difficile ont suggéré une efficacité de la TMF et un essai est actuellement en cours d’analyse chez des sujets souffrant de maladie de Crohn. Les résultats montrent une efficacité thérapeutique significative de la TMF vs placebo ».

L’hypertension artérielle aussi !

Selon des résultats publiés dans « Nature », une forte consommation de sel réduit la population de Lactobacillus murinus, ce qui provoque la prolifération de lymphocytes Th17, réputés pour être associés à une augmentation de la pression artérielle.  D’après une communication du Pr Eric Alm, une prise de probiotiques pourrait inverser cette tendance.

Et l’obésité ?

Selon le CNRS, plusieurs études ont montré que si l’on transfère la flore intestinale d’un animal normal sur un animal obèse, il maigrit et inversement. Chez l’homme cet échange n’est pas reproductible. En effet, le microbiote constitue un écosystème ou s’intriquent des centaines d’associations entre espèces. Sans intervention extérieure, l’écosystème s’autorégule. De plus, l’effet de la transplantation reste temporaire et s’estompe avec une nourriture trop riche.

Restons prudents

La recherche sur le microbiote présente donc des promesses qui peuvent sembler merveilleuses mais attention !  Plusieurs questions restent sans réponse, notamment quel donneur choisir (un proche dont la composition de la flore est ressemblante ou un étranger ?). Quel est le risque de transmission de maladies infectieuses ?

La TMF reste de l’ordre des nouvelles thérapeutiques qu’il faut donc encore utiliser avec prudence.

Sources

– Henrik Bjørn Nielsen et al. A method for identifying metagenomic species and variable genetic elements by exhaustive co-abundance binning. Nature Biotechnology, 6 juillet 2014. doi:10.1038/nbt.2939.
CNRS
Insert
Le Quotidien du Médecin
– Sokol H et al. Protocole impact-Crohn déposé
– Chu DM, et al., « Maturation of the infant microbiome community structure and function across multiple body sites and in relation to mode of delivery. », Nat Med, 2017, 23, 314-26.
Le Quotidien du Médecin 

Léa Coulanges