Une équipe de chercheurs de la start-up InSilico Medicine a récemment développé un algorithme permettant de déterminer l’âge biologique d’un individu grâce au microbiote intestinal ! Une technique plutôt fiable car la marge d’erreur est inférieure à 4 ans. Explications.

Le microbiote intestinal révélateur de l’âge, vraiment ?

L’équipe de chercheurs a analysé l’ADN du microbiote intestinal de 1165 personnes en bonne santé issus de différents pays (France, Allemagne, Chine, Etats-Unis…). Leur âge variait de 20 à 90 ans. Au total, ce sont 3 663 échantillons de bactéries qui ont été analysés.

Afin de déterminer le rapport entre l’âge et le microbiote, ils ont saisi dans leur algorithme 90 % des ADN récoltés. Pour chaque ADN, ils renseignaient l’âge du sujet. Quant aux 10 % restants, ils ont laissé l’algorithme deviner l’âge des participants en fonction de la composition de leur microbiote intestinal. L’algorithme a ainsi déterminé l’âge des participants avec une marge d’erreur de seulement 3,94 ans.

L’analyse de son microbiote : où, combien, pourquoi ?

Une découverte des bactéries caractérisant le vieillissement ?

Plusieurs centaines d’espèces de bactéries peuplent notre microbiote intestinal. Selon les chercheurs, 39 en particulier permettent de définir l’âge d’un sujet. Lorsqu’une personne vieillit, certaines bactéries sont davantage présentes comme Eubacterium hallii. Robin Knight, directeur du Center for Microbiome Innovation, considère ce travail de recherche « incroyablement intéressant », lui-même étant d’ailleurs en pleine analyse de plus de 150 000 échantillons de microbiote afin de développer lui aussi un outil permettant d’établir l’âge d’un sujet.

Des biais possibles

Si cette étude est une grande première, elle est à prendre avec des pincettes. En effet, si notre microbiote évolue avec l’âge, il se modifie également en fonction de notre alimentation. Or, les habitudes alimentaires varient considérablement d’un pays à l’autre, et notre diversité microbienne peut être altérée quelques mois seulement après un changement radical d’alimentation, comme c’est le cas des asiatiques ayant migré aux Etats-Unis.

Autre point à prendre en considération : les différentes générations étudiées. En effet, ces 50 dernières années, nos habitudes de vie et alimentaires ont été bouleversées. L’altération du microbiote serait donc aussi générationnelle. Plus simplement, une personne âgée de 20 ans aujourd’hui n’a pas la même diversité microbienne qu’une personne du même âge dans les années 50. Aussi est-il nécessaire que d’autres études voient le jour en assimilant tous ces biais possibles, afin de se servir du microbiote comme marqueur biologique.

Pourquoi le microbiote du nouveau-né est-il essentiel ?

Sources

— Fedor Galkin et al., « Human microbiome aging clocks based on deep learning and tandem of permutation feature importance and accumulated local effects », BioRxiv, décembre 2018,
France TV Info.

Jonathan Epaillard

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