Durant la grossesse, le fœtus serait (déjà) en contact avec des bactéries placentaires. Ces bactéries contribueraient à l’établissement du microbiote du nouveau-né avant même l’accouchement et la rencontre avec le microbiote vaginal, fécal et cutané de la mère ! Le microbiote du nouveau-né ne sera pas sans conséquence sur les futures pathologies de l’enfant et de l’adulte.

Le microbiote du nouveau-né

Depuis une quarantaine d’années, une théorie propose que l’origine de certaines pathologies pourrait être liée aux phases de développement de l’individu.

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C’est le concept de l’origine développementale de la santé et des maladies, connue sous l’acronyme DOHaD (developmental origin of health and diseases). Par conséquent, une anomalie dans le développement de la flore intestinale du nouveau-né pourrait être prédictive de certaines pathologies futures.

L’origine du microbiote du nouveau-né

De récents travaux tendent à prouver que le fœtus serait (déjà) en contact avec des bactéries placentaires. Le fœtus n’évoluait donc pas dans un milieu totalement stérile in utero… Ces bactéries contribueraient à l’établissement du microbiote du nouveau-né avant même l’accouchement et la rencontre avec le microbiote vaginal, fécal et cutané de la mère !


En effet, lors de l’accouchement, le nouveau-né se retrouve brutalement en contact avec un milieu très dense en bactéries. La « colonisation » du bébé expose celui-ci, très rapidement, à des bactéries d’origine fécale (entérobactéries et bifidobactéries) et à des bactéries de moindre importance d’origine vaginale (lactobacilles).

Premières bactéries implantées, les entérobactéries (principalement l’espèce E. coli), les entérocoques et les staphylocoques sont des organismes aérobies-anaérobies facultatifs. Cependant, du fait de leur consommation d’oxygène, ces bactéries permettent alors l’implantation de bactéries de genre anaérobie strict (Bifidobacterium, Clostridium, Bacteroides) ainsi que des lactobacilles.
Enfin, le milieu extérieur dans lequel le bébé naît ainsi que le contact avec son entourage vont également jouer un rôle essentiel dans le développement de la flore de l’enfant.

En effet, de 0 à 3 ans, le microbiote de l’enfant va évoluer jusqu’à atteindre une composition proche de celle de l’adulte.

Tout savoir sur le microbiote

Quels facteurs modulent la colonisation du nouveau-né ?

– Le mode d’accouchement

Une césarienne expose le nouveau-né au milieu extérieur et retarde l’exposition aux flores fécale et vaginale de la mère. Les premières bactéries implantées sont toujours des organismes anaérobies facultatifs. La flore anaérobie stricte s’implante beaucoup plus tardivement.

– L’environnement

Il semblerait que l’environnement – et plus particulièrement l’application de règles d’hygiène plus stricte – joue un rôle dans la colonisation bactérienne du nouveau-né. En effet, les bifidobactéries colonisent à un plus haut niveau les enfants des pays en voie de développement que ceux des pays développés.

– L’alimentation

L’alimentation du nouveau-né joue forcément un rôle important dans le développement de la flore bactérienne. En effet, la flore du nouveau-né allaité est moins diversifiée que celle du nouveau-né nourri au lait artificiel. La colonisation par des bactéries de genre anaérobie strict aura lieu plus tard ou à un niveau plus faible.

– Le terme de naissance

Un prématuré aura un retard de colonisation important et une diversification limitée. Rapidement séparés de leur mère et soumis à des soins intensifs (antibiothérapie par exemple), la colonisation se fera principalement par des bactéries aérobies (entérobactéries, entérocoques et staphylocoques).

Les pathologies associées à une perturbation du développement de la flore intestinale à la naissance

Si tous les mécanismes ne sont pas encore bien connus, une perturbation dans le développement de la flore intestinale a des répercussions sur le développement de certaines pathologies.

Le microbiote aurait-il un impact sur l’efficacité des vaccins ?

– Allergie

Des corrélations entre naissance par césarienne ou antibiothérapie néonatale – facteurs reconnus pour altérer significativement l’établissement du microbiote – et augmentation du risque de développement de pathologies telles que l’eczéma, l’allergie, l’asthme ou une MICI ont ainsi été observées. La vancomycine (antibiotique), par exemple, réduit la diversité microbiologique et augmente la sévérité de l’allergie.
En revanche, un contact avec une grande diversité de micro-organismes – environnement rural ou présence d’animaux de compagnie par exemple–, semble être un gage de protection vis-à-vis de ces pathologies.

L’apparition de la flore intestinale, ainsi que l’ordre d’apparition des espèces bactériennes a un rôle dans le développement du système immunitaire, encore immature de l’enfant.
La flore constituerait un des premiers signaux et un stimulus pour la maturation du système immunitaire : activation des lymphocytes T, des lymphocytes T-helper et des régulateurs par exemple. De fait, un déséquilibre dans la population des lymphocytes est associé à un risque allergique.
Des enfants allergiques ont une population de Bifidobacterium moins importantes que des enfants ne présentant pas d’allergies. Un retard de développement de Bifidobacterium serait donc associé à un risque plus élevé d’allergies.
D’autres bactéries pourraient également être impliquées comme les Bactéroïde dans la maturation d’IgA et d’IgM.

Si je diversifie l’alimentation de bébé, a-t-il moins de chances d’être allergique ?

– MICI

Les sujets atteints de la Maladie de Crohn et d’une rectocolite hémorragique sont souvent génétiquement pré-disposés. En effet, l’hyper-activité du système immunitaire intestinal est en partie liée à une stimulation bactérienne intestinale, plaçant le microbiote intestinal au centre de ces maladies.
Cependant, l’administration de probiotiques, dès le plus jeune âge,  améliore l’immunité chez le sujet atteint de MICI.

– Entérocolite

Une maturation retardée de la flore intestinale est associée aux entérocolites ulcéro-nécrosantes du nouveau-né. La colonisation anormale du tube digestif du prématuré est reconnue comme un facteur de risque important dans la genèse de cette pathologie.

– Obésité et diabète de type 2

Le développement de la flore microbienne aurait également un impact sur des pathologies métaboliques, comme le diabète et l’obésité.
Des souris ayant eu une anomalie de développement de la flore ont un phénotype de type obèse. Celui-ci est maintenu même après l’inoculation de souches de flore de souris ayant un phénotype de type normal.
De plus, une étude sur plus de 10 000 enfants montre que l’exposition à un traitement antibiotique dans les 6 premiers mois de la vie entraîne une augmentation de poids significative au 38ème mois de la vie.
Les sujets obèses ont clairement une flore digestive modifiée, avec une augmentation des Firmicutes par rapport aux Bacteroides.

– Obésité et diabète de type 1

L’exposition à un milieu bactérien normal diminue le risque de diabète de type 1. L’incidence du diabète est affecté par le microbiote ou par l’exposition à des stimuli microbiens (mycobactéries ou autres produits microbiens) chez des souris.

Sources

Mise en place du microbiote intestinal du nouveau-né

The Human Microbiota in Health and Disease

Raphaelle Santarelli