Le microbiote se constitue à la naissance et n’est que très peu perturbé sauf en cas de changements de mode de vie, d’habitudes alimentaires ou lors de la prise de certains médicaments, notamment les antibiotiques. Mais selon une étude allemande publiée dans Nature, beaucoup d’autres médicaments auraient aussi un effet néfaste. Explications.

Quels médicaments en cause dans l’altération du microbiote ?

Nous savons tous que les antibiotiques perturbent notre microbiote. Mais saviez-vous que beaucoup d’autres médicaments ont aussi un effet néfaste sur notre microbiote intestinal ? Notamment des antidiabétiques, des anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS), des antipsychotiques et des inhibiteurs de la pompe à protons (IPP). « Tout ce qui a une action sur le transit intestinal va affecter le microbiote car le transit est un régulateur des populations microbiennes entre celles qui se multiplient vite et qui vont pouvoir maintenir des niveaux de population élevés dans un transit rapide et celles qui sont désavantagées car elles se multiplient moins vite », explique Joël Doré, directeur de recherche à l’INRA.

Pour bien comprendre le microbiote intestinal :

Tout savoir sur le microbiote intestinal

Plus d’un millier de molécules étudiées

Les chercheurs de cette étude allemande ont étudié « l’impact d’un total de 1 197 molécules (dont 156 à action antibactérienne, 88 antiviraux, antifongiques ou antiparasitaires et 835 ciblant les cellules humaines) sur 40 souches bactériennes présentes dans l’intestin telles que Clostridium, Bactéroides ou Fusobacterium. Au total, 27 % des molécules non antibactériennes et 23 % des médicaments ciblant les cellules humaines impactent au moins une souche bactérienne testée ».

Émergence de bactéries résistantes

Ces résultats impressionnent les chercheurs car beaucoup de médicaments sont impliqués. De plus, la majorité des prescriptions entrent dans le cadre d’un traitement longue durée, comme des anti-thrombotiques, anti-arythmiques, des analgésiques, des antipsychotiques, des immuno-modulateurs et des antinéoplasiques. Sans oublier certains médicaments à base d’hormones comme la contraception orale ou les traitements de la ménopause. « …Ils pourraient favoriser l’émergence de bactéries résistantes. Mais aussi de pathologies en lien avec des changements de compositions du microbiote », souligne le Dr Athanasios Typas (Berlin, Allemagne). 

Qui influence qui ?

Cette étude confirme celle de l’université de Kumamoto au Japon qui soulignait que notre flore intestinale détermine aussi notre réponse aux traitements. « Les résultats de cette étude montrent en effet que de nombreux médicaments peuvent être affectés par des changements dans la flore intestinale. Dans le futur, si l’on parvient à confirmer que des mécanismes similaires existent chez l’humain, nos recherches se porteront sur le dosage optimal du médicament et la réduction de ses effets secondaires ».

Il n’y a pas que les médicaments qui influencent le microbiote :

Le triclosan, un antimicrobien à l’origine d’une altération du microbiote ?

L’altération du microbiote, cause ou conséquence ?

L’étude allemande va donc dans le même sens mais affine encore le problème. « …il nous est encore impossible de préciser si la modification du microbiote est un effet indésirable du traitement. Ou si l’effet thérapeutique des molécules est lié intrinsèquement à ce changement », remarque le Dr Peer Bork (Heidelberg, Allemagne). C’est pourquoi les auteurs vont désormais se consacrer à l’analyse des interactions médicaments-microbiote dans un environnement polybactérien physiologique. Et ce afin de déterminer si la composition du microbiote pourrait influer sur la réponse au traitement.

Les recherches sur le microbiote n’ont pas fini de nous étonner !

Sources

–  Lisa Maier et al., « Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria. », Nature, n° 555, mars 2018, p. 623-628,
– Isabelle Catala, « Un quart des médicaments hors antibiotiques impacte le microbiote », Medscape, mars 2018,
– Takuya Kuno et al., « Effect of Intestinal Flora on Protein Expression of Drug-Metabolizing Enzymes and Transporters in the Liver and Kidney of Germ-Free and Antibiotics-Treated Mice. », Pharmaceutics, 2016, 13 (8), p. 2691-2701.

 Léa Coulanges

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