Des microbes à la maison

Préparatifs des seize ans de Louise : la maison et les dix membres de la famille s’agitent pour que cet événement soit inoubliable. De prime abord, rien ne saurait nous indiquer qu’il s’agit d’un ouvrage dit scientifique. C’est là tout l’intérêt de cet ouvrage : Murielle Naïtali explicite à merveille ce que sont les microbes et nos divers microbiotes grâce à ce synopsis et ces dix personnages.

Nous découvrons Louise, « l’adolescente coquette » et explorons grâce à elle ses microbiotes intestinal, buccal et cutané. Chacun des gestes de l’adolescente sont décryptés pour que puisse être expliquée la dysbiose de notre microbiote. Un exemple marquant que celui du shampoing, à l’origine d’une perturbation de l’équilibre de la microflore du cuir chevelu. La pédagogie est clairement au rendez-vous.

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Et des microbes pour tout le monde

À chaque membre de la famille son thème. Valérie, la mère de Louise, l’archétype de la « ménagère du week-end », permet à l’auteur d’expliquer les divers principes de contaminations microbiennes. Pour éviter un charabia beaucoup trop complexe au commun des lecteurs, des scènes de la vie courante sont analysées, comme le repassage ou le nettoyage de la cuisine. Une lisibilité d’autant plus claire qu’elle permet de comprendre l’impact de chacun de nos actes sur les microbes de notre quotidien. Nous en apprenons davantage sur les bases de la conservation et les moyens de limiter les risques bactériologiques grâce à Eugénie, la grand-mère cuisinière. Ou bien sur les relations privilégiées entre microbes et microfaune du sol avec Jean-Michel, le grand-père jardinier. Et nous faisons aussi la connaissance de Julie, jeune mère grâce à qui nous appréhendons les risques liés à la grossesse et les précautions à prendre après l’arrivée de bébé.

Autant de situations qui permettent d’exploiter le large éventail des fonctions de nos microbiotes, le tout avec une grande clarté. Livre chaudement recommandé par LQDP !

Murielle Naïtali, Que serions-nous sans eux ? Les microbes de notre quotidien, Éditions Quæ, 2018, 15 €. Disponible sur le site de l’éditeur.

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Le microbiote du nouveau-né

Depuis une quarantaine d’années, une théorie propose que l’origine de certaines pathologies pourrait être liée aux phases de développement de l’individu.

C’est le concept de l’origine développementale de la santé et des maladies, connue sous l’acronyme DOHaD (developmental origin of health and diseases). Par conséquent, une anomalie dans le développement de la flore intestinale du nouveau-né pourrait être prédictive de certaines pathologies futures.

L’origine du microbiote du nouveau-né

De récents travaux tendent à prouver que le fœtus serait (déjà) en contact avec des bactéries placentaires. Le fœtus n’évoluait donc pas dans un milieu totalement stérile in utero… Ces bactéries contribueraient à l’établissement du microbiote du nouveau-né avant même l’accouchement et la rencontre avec le microbiote vaginal, fécal et cutané de la mère !

En effet, lors de l’accouchement, le nouveau-né se retrouve brutalement en contact avec un milieu très dense en bactéries. La « colonisation » du bébé expose celui-ci, très rapidement, à des bactéries d’origine fécale (entérobactéries et bifidobactéries) et à des bactéries de moindre importance d’origine vaginale (lactobacilles).

Premières bactéries implantées, les entérobactéries (principalement l’espèce E. coli), les entérocoques et les staphylocoques sont des organismes aérobies-anaérobies facultatifs. Cependant, du fait de leur consommation d’oxygène, ces bactéries permettent alors l’implantation de bactéries de genre anaérobie strict (Bifidobacterium, Clostridium, Bacteroides) ainsi que des lactobacilles.
Enfin, le milieu extérieur dans lequel le bébé naît ainsi que le contact avec son entourage vont également jouer un rôle essentiel dans le développement de la flore de l’enfant.

En effet, de 0 à 3 ans, le microbiote de l’enfant va évoluer jusqu’à atteindre une composition proche de celle de l’adulte.

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Quels facteurs modulent la colonisation du nouveau-né ?

– Le mode d’accouchement

Une césarienne expose le nouveau-né au milieu extérieur et retarde l’exposition aux flores fécale et vaginale de la mère. Les premières bactéries implantées sont toujours des organismes anaérobies facultatifs. La flore anaérobie stricte s’implante beaucoup plus tardivement.

– L’environnement

Il semblerait que l’environnement – et plus particulièrement l’application de règles d’hygiène plus stricte – joue un rôle dans la colonisation bactérienne du nouveau-né. En effet, les bifidobactéries colonisent à un plus haut niveau les enfants des pays en voie de développement que ceux des pays développés.

– L’alimentation

L’alimentation du nouveau-né joue forcément un rôle important dans le développement de la flore bactérienne. En effet, la flore du nouveau-né allaité est moins diversifiée que celle du nouveau-né nourri au lait artificiel. La colonisation par des bactéries de genre anaérobie strict aura lieu plus tard ou à un niveau plus faible.

– Le terme de naissance

Un prématuré aura un retard de colonisation important et une diversification limitée. Rapidement séparés de leur mère et soumis à des soins intensifs (antibiothérapie par exemple), la colonisation se fera principalement par des bactéries aérobies (entérobactéries, entérocoques et staphylocoques).

Les pathologies associées à une perturbation du développement de la flore intestinale à la naissance

Si tous les mécanismes ne sont pas encore bien connus, une perturbation dans le développement de la flore intestinale a des répercussions sur le développement de certaines pathologies.

Le microbiote aurait-il un impact sur l’efficacité des vaccins ?

– Allergie

Des corrélations entre naissance par césarienne ou antibiothérapie néonatale – facteurs reconnus pour altérer significativement l’établissement du microbiote – et augmentation du risque de développement de pathologies telles que l’eczéma, l’allergie, l’asthme ou une MICI ont ainsi été observées. La vancomycine (antibiotique), par exemple, réduit la diversité microbiologique et augmente la sévérité de l’allergie.
En revanche, un contact avec une grande diversité de micro-organismes – environnement rural ou présence d’animaux de compagnie par exemple–, semble être un gage de protection vis-à-vis de ces pathologies.

L’apparition de la flore intestinale, ainsi que l’ordre d’apparition des espèces bactériennes a un rôle dans le développement du système immunitaire, encore immature de l’enfant.
La flore constituerait un des premiers signaux et un stimulus pour la maturation du système immunitaire : activation des lymphocytes T, des lymphocytes T-helper et des régulateurs par exemple. De fait, un déséquilibre dans la population des lymphocytes est associé à un risque allergique.
Des enfants allergiques ont une population de Bifidobacterium moins importantes que des enfants ne présentant pas d’allergies. Un retard de développement de Bifidobacterium serait donc associé à un risque plus élevé d’allergies.
D’autres bactéries pourraient également être impliquées comme les Bactéroïde dans la maturation d’IgA et d’IgM.

Si je diversifie l’alimentation de bébé, a-t-il moins de chances d’être allergique ?

– MICI

Les sujets atteints de la Maladie de Crohn et d’une rectocolite hémorragique sont souvent génétiquement pré-disposés. En effet, l’hyper-activité du système immunitaire intestinal est en partie liée à une stimulation bactérienne intestinale, plaçant le microbiote intestinal au centre de ces maladies.
Cependant, l’administration de probiotiques, dès le plus jeune âge,  améliore l’immunité chez le sujet atteint de MICI.

– Entérocolite

Une maturation retardée de la flore intestinale est associée aux entérocolites ulcéro-nécrosantes du nouveau-né. La colonisation anormale du tube digestif du prématuré est reconnue comme un facteur de risque important dans la genèse de cette pathologie.

– Obésité et diabète de type 2

Le développement de la flore microbienne aurait également un impact sur des pathologies métaboliques, comme le diabète et l’obésité.
Des souris ayant eu une anomalie de développement de la flore ont un phénotype de type obèse. Celui-ci est maintenu même après l’inoculation de souches de flore de souris ayant un phénotype de type normal.
De plus, une étude sur plus de 10 000 enfants montre que l’exposition à un traitement antibiotique dans les 6 premiers mois de la vie entraîne une augmentation de poids significative au 38ème mois de la vie.
Les sujets obèses ont clairement une flore digestive modifiée, avec une augmentation des Firmicutes par rapport aux Bacteroides.

– Obésité et diabète de type 1

L’exposition à un milieu bactérien normal diminue le risque de diabète de type 1. L’incidence du diabète est affecté par le microbiote ou par l’exposition à des stimuli microbiens (mycobactéries ou autres produits microbiens) chez des souris.

Sources

Mise en place du microbiote intestinal du nouveau-né

The Human Microbiota in Health and Disease

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Le boom des cosmétiques fermentés

Si les aliments fermentés connaissent un tel succès, c’est que leurs multiples bienfaits sur le microbiote intestinal sont avérés. Ils favorisent certaines bonnes bactéries et permettent de maintenir l’équilibre du microbiote. Et si de tels effets se retrouvent dans l’assiette alors pourquoi pas dans les cosmétiques ? À dire vrai, c’est déjà la grande tendance au Japon, en Corée mais également en Chine. Les produits de ce récent marché contiennent des aliments comme le riz, le soja, le thé kombucha et même le ginseng rouge. Certaines marques ont bien compris l’immense marché qui s’offrait à eux : la firme coréenne Whamisa intègre depuis quelque années des ingrédients fermentés dans l’ensemble de ses soins. Et certains ingrédients issus de la fermentation contiennent des lactobacilles, des bactéries bénéfiques à l’équilibre de la peau. De quoi faire le plus grand bien à notre microbiote cutané.

Microbiote cutané ? On vous explique tout :

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À l’échelle européenne, la gamme « La Culture » de la marque Gallinée utilise la fermentation de végétaux afin d’obtenir de l’acide lactique. Un usage que la fondatrice Marie Drago revendique car « [l’acide lactique] exfolie la peau en douceur, stimule le renouvellement des cellules de collagène et restaure un bon PH à la surface de l’épiderme ». Fermentation et cosmétiques s’allient donc pour le bien-être de notre peau.

Des actifs fermentés pour une belle peau

Les cosmétiques à base d’ingrédients fermentés se multiplient pour satisfaire le plus grand nombre de consommateurs. Sérum anti-rides, gel nettoyant, masque raffermissant… De quoi satisfaire toutes les peaux ! L’avantage de ces cosmétiques ? Le processus de fermentation préserverait les bienfaits des plantes sans les altérer, et confère aux cosmétiques une meilleure capacité d’absorption. En outre, ces actifs fermentés conviennent particulièrement aux peaux sensibles et réactives.

Gérard Redziniak, chercheur en biologie cutanée rappelle d’ailleurs que « les ingrédients fermentés sont de super cocktails pour nourrir la peau. Ils apportent les acides aminés, les acides gras, les vitamines contenus dans les extraits, et sont rendus assimilables grâce au processus de fermentation ».

Que l’Europe se tienne prête, les cosmétiques fermentés vont bientôt inonder le marché !

Vous n’avez pas encore essayé les aliments fermentés ? :

Fermentation naturelle : notre microbiote ou la révolution des aliments vivants

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Si nombreux sont ceux qui répugnent à l’idée de s’accrocher à la barre du métro, d’autres en font un sujet d’étude sérieux ! En effet, une équipe de chercheurs a étudié la présence de bactéries dans le métro de Hong Kong pour explorer la diversité bactérienne selon les lignes. Leur conclusion : les bactéries se meuvent selon les itinéraires des voyageurs. Explications.

Une étude de la diversité des bactéries dans le métro, un canular ?

On pourrait penser qu’il s’agit d’une énorme plaisanterie, mais il n’en est rien ! Près de vingt chercheurs sont partis à la chasse aux bactéries du métro grâce aux prélèvements effectués sur des volontaires. Comment ? Ces derniers devaient au quotidien, durant trente minutes, se déplacer dans l’une des huit lignes de métro de Hong Kong. Bien sûr, ils nettoyaient leurs mains en amont pour ensuite toucher les barres de maintien. Pour les prélèvements, ils tamponnaient leurs paumes sur des écouvillons, petites brosses s’apparentant aux cotons-tiges.
Les analyses ont mis en exergue qu’une écrasante majorité des bactéries accompagnant les voyageurs étaient assez communes, bactéries usuellement retrouvées sur le microbiote cutané. Concernant les organismes non bactériens, les paumes des participants hébergeaient surtout des levures.

Pour bien comprendre le microbiote :

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Jamais sans son microbiome sur la 8 !

Les déplacements des habitants de Hong Kong ont favorisé le développement d’un véritable microbiome – une zone de vie pour les organismes – sous la ville. Et les évolutions du microbiome au fil de la journée sur les différentes lignes de métro intéressent les chercheurs.
Leur premier constat : aux premières heures de la journée, on distingue plus de 140 espèces de bactéries différentes. Et chaque ligne de métro se distingue par ses caractéristiques microbiennes, à l’image de la ville qu’elle traverse. En effet, la ligne de métro à proximité de la côte grouille d’espèces bactériennes aquatiques.
Durant la journée, alors que la fréquentation du métro atteint son acmé, les communautés de microbes tendent à davantage se ressembler. Et 48 d’entre elles se multiplient durant la journée, avec une majorité de bactéries commensales – bactéries se nourrissant des déchets qui se trouvent à l’extérieur de nos tissus, sur la peau par exemple. À noter que le moment de l’échantillonnage, « est l’un des déterminants majeurs des changements et des récurrences dans la composition et la diversité de la communauté », relèvent les auteurs de l’étude.

La guerre des bactéries pour le contrôle de la ville

Les bactéries ne diffèrent que peu de l’Homme sur ce point. De fait, certaines bactéries prennent l’ascendant sur des bactéries dites plus faibles. Certaines communautés microbiennes prolifèrent donc dans les lignes de métro selon le moment de la journée.
Lors de la circulation des rames, les bactéries apportées par l’Homme se multiplient. A contrario, les bactéries n’étant pas liées à l’activité humaine ne reprennent le contrôle du réseau sous-terrain qu’à la fermeture des grilles. Autre point étonnant, et même inquiétant : certaines espèces résistent à plusieurs antibiotiques et tendent donc à se multiplier.
La preuve que les lois qui régissent l’humanité sont universelles, et concernent aussi bien l’Homme que les bactéries.

Les bactéries sont partout, et c’est même bon pour la santé de certains :

Laissez vos enfants manger leurs crottes de nez : c’est bien-fait pour eux !

Source

– Kang Kang et al., « The Environmental Exposures and Inner- and Intercity Traffic Flows of the Metro System May Contribute to the Skin Microbiome and Resistome. », Cell Reports, juillet 2018, 24 (5), p. 1190-1202.

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Qu’est-ce que le microbiote ?

Le microbiote désigne littéralement l’ensemble des micro-organismes peuplant un microbiome, c’est-à-dire un milieu de vie bien défini. Le microbiote correspond donc à des bactéries, champignons non pathogènes, virus ou bien protiste (être vivant unicellulaire) vivant dans un écosystème défini. Ainsi pourrons nous parler, pour l’Homme, de divers microbiotes dont :
– Le microbiote intestinal : les micro-organismes vivants au niveau de la sphère digestive,
– Aussi le microbiote vaginal : les micro-organismes vivants au niveau du vagin,
– Le microbiote cutané : les micro-organismes vivants sur la peau,
– Encore le microbiote placentaire : récemment, des micro-organismes ont été identifiés au niveau du placenta, même lorsque la grossesse est dite normale
– Et le microbiote des organes sexuels masculins : micro-organismes présents chez les hommes au niveau de l’appareil génital.

Il y a aussi :

Le microbiote fécal illustré

Pourquoi vit-on avec tous ces micro-organismes sur nous et en nous, alors même que nous vivons dans des pays où l’hygiène est entrée dans nos mœurs depuis déjà quelques décennies ? Pourquoi ne pouvons-nous pas nous débarrasser de ces petites bêtes, alors même que nous essayons d’être de plus en plus aseptisés ? Ce serait une erreur de croire que ces micro-organismes sont nuisibles, et ce serait une erreur de s’en débarrasser, car nous ne pouvons pas vivre sans eux ! Et ces micro-organismes nous sont d’une utilité imparable, nous vivons avec eux une véritable histoire sur le long terme, histoire que l’on appelle communément « symbiose ». En d’autres termes, nous vivons une association biologique, durable et réciproquement profitable, entre deux organismes vivants.

Le microbiote vaginal

Il comprend entre 100 millions et 1 milliard de micro-organismes/ml de sécrétions vaginales. Il est composé de lactobacilles (Lactobacillus iners, L. crispatus, L. gasseri, etc…). L’objectif de ce microbiote est de défendre la cavité vaginale des infections microbiennes ou bien des maladies sexuellement transmissibles. L’utilisation d’antibiotiques, un déséquilibre hormonal pourraient faire varier l’équilibre de ce microbiote et exposer la femme à différentes agressions microbiennes.

Le microbiote cutané

Il est composé de bactéries comme Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus hominis (bactéries commensales communes), Streptococcus mitis, Propionibacterium acnes, Corynebacterium spp., Acinetobacter johnsoni, et Staphylococcus warneri etc… La nature des souches présentes sur la peau est variable selon les zones anatomiques de la peau. Cette variabilité dépend en partie de la température, de l’humidité ainsi que du contenu lipidique de la peau. Ainsi définit-on les zones grasses (visages, cuir chevelu), les zones humides (l’intérieur des narines, les aisselles, le sillon interfessier) et les zones sèches (les bras, les paumes des mains). Les propionibactéries prédominent dans les zones grasses, les corynébactéries et les staphylocoques sont abondants dans les zones humides.

Le microbiote placentaire

Quant au microbiote placentaire, il a été démontré que des souches d’E. coli non pathogènes étaient retrouvées au niveau placentaire, ainsi que Prevotellatannerae et des espèces Neisseria non pathogènes. Ce microbiote placentaire est similaire au microbiote de la cavité buccale, ce qui est surprend les chercheurs. Cette découverte relativement récente est une révolution dans le monde de la recherche, puisque tout le monde s’accordait à dire que le placenta était stérile. De plus amples travaux sont en cours afin d’explorer et de mieux comprendre ce microbiote placentaire.

Le microbiote intestinal

Il s’agit du microbiote le plus conséquent de l’organisme, avec pas moins de 1012 à 1014 micro-organismes, ce qui représente 2 à 10 fois plus le nombre de cellules qui constituent notre corps. Cela correspond en moyenne à 2 kg de micro-organismes ! Nous avons beaucoup de choses vous dire concernant le microbiote intestinal. Aussi rendez-vous par ici :

Tout savoir sur le microbiote intestinal

Sources

– Jeremy Di Domizio et al., « Le microbiote cutané : le poids lourd sort de l’ombre », Rev Med Suisse, 2016, volume 12, 660–664.
– Lise Loumé, « Les bactéries colonisent aussi le placenta », Sciences et Avenir, mai 2014.

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